クラミジアと同様に､淋菌に感染すると男性は尿道炎､女性は子宮頸管炎を発症する。
しかし､感染症状はクラミジアより重く､男性の場合は激しい痛みを伴うことが多い。
一方､女性の場合､自覚症状に乏しい場合も多い。
しかし、痛みが伴わないからといって治療をしなくてよいわけではなく､淋菌感染から骨盤内感染症（卵管炎､骨盤腹膜炎など骨盤の周囲の臓器で起こる疾患全般）を引き起こすことも多い。
このことから、不妊症や流産となることもあるので注意しなければならない。
尿道炎
感染して2〜9日で発症し、尿道口が発赤、排尿時に強い痛みと黄色い膿が出る。放置すると前立腺炎､精管炎などを引き起こすこともある。
子宮頸管炎
膿のようなおりものと尿道の不快感、排尿痛が症状としてあらわれる。しかし、多くの患者が自覚症状を伴わないことが多い。
骨盤内感染症
子宮頸管炎から、月経の際に子宮内膜炎、骨盤腹膜炎、腹膜炎などを併発し、下腹部痛、慢性的な腰痛を感じるようになる。
咽頭炎
軽度の咽頭痛、咽頭の発赤などが症状としてあらわれる。
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